Am 23. Juni 1586 gründete Fürstbischof Ernst von Mengersdorf (1583-1591) in Bamberg das Collegium Ernestinum. Dabei handelte es sich um ein Priesterseminar mit einem Gymnasium als vorbereitender Übungsschule, die allen nach höherer Bildung strebenden Jünglingen zugänglich war. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts, kurz nachdem der Jesuitenorden die Leitung des Collegiums übernommen hatte, konnte es mit 350 Schülern in das neu errichtete Unterrichtsgebäude einziehen, in dem heute die Teilbibliothek 4 (Sprach- und Literaturwissenschaften) der Otto-Friedrich-Universität Bamberg untergebracht ist.
Als 1648 die Academia Ottoniana, die spätere Universitas Ottoniana-Fridericiana, entstand, blieb das Gymnasium als unterer Lehrkurs erhalten. Im Zuge der Säkularisation wurde die Universität Bamberg wieder aufgelöst. Übrig blieb ein Lyceum für Philosophie und Theologie, auch ihm war das Gymnasium vorgeschaltet.